Lors de son mariage avec Marcelline Kuerouac, tel que le mentionne l'acte de mariage, François était veuf de Célestine Ouellet, qu'il avait épousée à la cathédrale de Rimouski (Québec) le 20 avril 1841. Elle était la fille majeure du défunt Augustin Ouellet et de la défunte Catherine Morelle, de la paroisse Saint-Louis de Kamouraska (Québec). À cette époque, soit en 1841, François Gagné demeurait à Matane (Québec).
Par ailleurs, selon les registres paroissiaux, ses parents avaient habité Les Éboulements, sur la Rive-Nord du Saint-Laurent, où ils avaient eu quatre enfants entre 1807 et 1812, sans toutefois que nous n'y trouvions un fils prénommé François. Ils en avaient ensuite eu quatre autres entre 1816 et 1827 à Rimouski (Québec), mais, une fois de plus, aucun d'eux ne portait le prénom de François.