Ordonné prêtre à Sainte-Anne-de-la-Pocatière (Québec) par le cardinal Raymond-Marie Rouleau, il exerce son ministère comme vicaire à Saint-Aubert (Québec) pendant vingt ans, où il marque profondément la communauté par son dévouement inlassable, sa bienveillance envers la jeunesse et sa grande proximité avec les paroissiens.
En 1950, année du grand pèlerinage de l'Année sainte proclamée par le pape Pie XII, la population de Saint-Aubert lui offre ce voyage en Europe en témoignage de profonde gratitude. Après avoir visité Fatima, Lourdes et Rome, il prend place à bord de l'avion affrété pour le retour au pays.
Le tragique destin frappe le 13 novembre 1950 lorsque l'appareil s'écrase sur les contreforts du mont Obiou, dans les Alpes françaises, causant la mort de tous ses occupants. L'abbé William Vachon est inhumé dans le cimetière de Notre-Dame-de-la-Salette en France, laissant un village entier dans la désolation et le souvenir ému d'un pasteur d'exception.